El grupo de investigación enfoca sus líneas de investigación en el desarrollo, validación e implementación de técnicas moleculares para el diagnóstico y tipificación de agentes infecciosos como Trypanosoma cruzi, Leishmania, parásitos intestinales, Clostridium difficile, Chlamydia trachomatis, Chikungunya, Zika y Candida. Así mismo el conocimiento de la ecología y evolución molecular de estos agentes mediante análisis de genómica y transcriptómica para la construcción de circuitos epidemiológicos que permitan comprender su filodinámica y perfiles de susceptibilidad y resistencia a antimicrobianos.