En este artículo se hace un análisis sobre la concepción de autonomía que subyace a la propuesta de competencias ciudadanas desarrolladas por el Ministerio de Educación Nacional de Colombia. La tesis que se propone es que existe un déficit con respecto al desarrollo o fundamentación de la autonomía personal en la propuesta de dichas competencias, lo cual obstaculiza o dificulta su propósito central, a saber: que los ciudadanos en formación desarrollen una autonomía moral que los motive a ajustar su conducta con arreglo a los ideales convivenciales y democráticos contenidos en la Constitución de 1991.Para esto, en la primera parte se hace una reconstrucción de la propuesta de las competencias ciudadanas, así como un análisis de algunos de los estudios críticos que se han producido sobre las mismas, esto con el objetivo de: primero, identificar las concepciones de autonomía y desarrollo moral presentes en las competencias ciudadanas; segundo, mostrar como en dicha propuesta no existe claridad suficiente con respecto a la distinción entre autonomía moral y personal y; tercer, aclarar cómo estas dos formas de autonomía se articulan para lograr los propósitos del desarrollo moral. La segunda parte se ocupa de discutir, a partir de las tesis de Jeremy Waldron, Thomas Hill Jr., Carlos Nino y Rainer Forst, la distinción entre autonomía personal y moral. Lo anterior con el objetivo de argumentar en favor de la idea que afirma que, el énfasis que se hace en la propuesta de las competencias ciudadanas privilegia una concepción de la autonomía moral. En la tercera parte se propone una lectura de la teoría de la autonomía social-relacional desarrollada por Marina Oshana, que tiene como finalidad ensayar una alternativa teórica tendiente a superar el déficit en la fundamentación de las competencias ciudadanas.