La JEP es parte del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición que nació con el Acuerdo de Paz firmado por el Gobierno Nacional y las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia – Ejército del Pueblo (FARC-EP) después de poco más de 4 años de negociación que finalizó en 2016. El objetivo de este órgano es administrar justicia transicional y conocer de los delitos cometidos dentro del conflicto armado y antes del 1 de diciembre del 2016. La JEP se encarga de aquellos delitos más graves dentro del marco del conflicto armado, esta conoce de hechos cometidos por excombatientes de las FARC-EP y Miembros de la Fuerza Pública. Sin embargo, también pueden convalecer ante la corte agentes del Estado y terceros civiles solo con carácter voluntario.
