Introducción. En Colombia la Avicultura es una de las industrias con mayor crecimiento en los últimos años, lo que conlleva a un incremento de amenazas en el sistema productivo como enfermedades infecciosas, pérdidas económicas por mortalidad, entre otras. La Salmonella es un agente zoonótico causante de enfermedades de transmisión alimentaria, que afecta anualmente a decenas de millones de personas de todo el mundo, siendo de gran impacto a nivel de la salud pública, salud animal y sector económico. Métodos. El objetivo fue identificar los factores asociados a la prevalencia de Salmonella spp en una planta de beneficio de aves de Bogotá D.C., a través de un estudio de prevalencia analítica. Se recolectó información y se tomaron muestras correspondientes a 878 aves distribuidas en las etapas de recepción, evisceración y salida del chiller del proceso de beneficio, las cuales fueron procesadas mediante PCR en tiempo real para la determinación de Salmonella spp. Se realizó un análisis univariado, bivariado y multivariado. Resultados. La prevalencia de Salmonella spp en recepción fue de 37,84%, en evisceración del 89,19% y en la salida del chiller 72,46%. Los factores que mejor explican la positividad en recepción fueron densidad de aves en el galpón (RP 1,9 (IC 1,3-2,6)) y uso de cama reutilizada (RP 1,6 (IC 1,01-2,25)); para la salida del chiller fueron día de la semana (RP 1,8 (IC 1,6-1,9)) y cantidad de horas desde el inicio del proceso (RP 1,6 (IC 1,34-1,7)). Discusión. El aumento de la prevalencia Salmonella spp evisceración indica contaminación durante el proceso. La disminución de prevalencia en salida del chiller, sugiere una eficiencia en la eliminación de la bacteria por procesos de desinfección. Durante los últimos días de la semana y las últimas horas de proceso se presenta una mayor carga de la bacteria en el proceso.