Introducción: Las enfermedades autoinmunes tienen un amplio campo de acción desde los diferentes frentes de la atención en salud. La toma de decisiones desde el fuero de cada uno de los profesionales de salud se convierte en un reto para la óptima atención en salud, la capacidad resolutiva del médico y para que los pacientes puedan recibir un tratamiento clínico óptimo. Parte del reto en el abordaje de las patologías autoinmunes, dentro de las que encuentra el Lupus Eritematoso Sistémico (LES), es dar cada día mayor claridad a su etiología, y qué factores pueden estar asociados a su desarrollo, entre los cuales surge la alteración de la microbiota como un posible factor de riesgo. Nuestro objetivo fue revisar la relación entre la disbiosis de la microbiota oral, gastrointestinal y cutánea como factor asociado al LES en adultos. Metodología: revisión de alcance (Scoping Review) en el que se busca identificar los estudios relevantes sobre la disbiosis y su relación e interacción con el LES. Se realizó la búsqueda de los artículos en las bases de datos MEDLINE/Pubmed, ScienceDirect, LILACS en inglés y español, publicados entre el 2010 y 2020. Se realizó la evaluación completa de los artículos aplicando la metodología recomendada por el Joanna Briggs Institute (JBI), con verificación con la lista de chequeo PRISMA ScR. Se incluyeron en la búsqueda de la literatura estudios observacionales de cohortes, casos y controles y transversales. La revisión y análisis de la calidad de los estudios fue realizada por 3 investigadores y un árbitro. Resultados: inicialmente se encontraron 153 artículos. Luego de verificar criterios inclusión, exclusión y calidad, se eligieron 8 artículos: 1 en EE. UU, 2 en Asturias, 1 en China, 1 en España, 1 en Brasil, 1 Países bajos y 1 en Francia-Italia. El diseño de los estudios incluidos en la presente revisión es: 7 de casos y controles y 1 estudio transversal. Según el tipo de microbiota: oral 2, gastrointestinal 4, 1 oral/gastrointestinal y 1 cutáneo. Los principales resultados mostraron que en el LES la razón (ratio) Firmicutes/Bacteroidetes se encuentra disminuida dada por un aumento en la phyla Bacteroidetes hasta 2.5 veces con una p<0.002, mientras que en Lupus cutáneo la razón (ratio) Firmicutes/Bacteroidetes se encuentra aumentada, sin embargo, la respuesta inmune es similar, ya que los antígenos de estos microorganismos son capaces de mediar respuestas de tipo Th17 que a su vez producen citoquinas proinflamatorias, que podrían explicar algunas de las manifestaciones clínicas de la enfermedad. Igualmente, la diversidad microbiana no se vio afectada por factores del individuo tales como sexo, edad y la dieta. Otros estudios mostraron que la microbiota intestinal presenta mayor variabilidad, mientras que la microbiota cutánea es más estable a pesar de las agresiones externas; no obstante, dicha microbiota cutánea puede mostrar alteración en procesos patológicos como son el LES. Discusión y conclusiones: nuestra revisión de alcance permitió revelar, la diferencia en la composición de la microbiota según la localización en el cuerpo, y a su vez, se identificó en algunos casos, una relación disminuida entre la razón (ratio) de Firmicutes/Bacteroidetes en región gastrointestinal, mientras que en piel la razón (ratio) de bacterias Firmicutes/Bacteroidetes se ve aumentada, pero la diversidad se ve disminuida. Los hallazgos permitieron evidenciar que la disbiosis juega un papel importante en el LES, abriendo la oportunidad de profundizar en dichas alteraciones, como estrategia de estudio y abordaje para los pacientes con LES, valdría la pena ahondar aún más, si el tratamiento de la disbiosis con factores modificables como la dieta y hábitos del individuo pudiesen llegar a ser potencial tratamiento que permita prevenir, retrasar o disminuir las manifestaciones de las complicaciones de la enfermedad.