El propósito de esta investigación es realizar un análisis comparativo respecto a la forma en la que se ha abordado la violencia sexual en el conflicto armado a partir de los operadores jurídicos que componen la Jurisdicción Especial para la Paz y la Ley de Justicia y Paz. Lo anterior, con el fin de observar las dificultades que han tenido cada uno de los procesos para garantizar los derechos de las víctimas de violencia sexual y, proponer, finalmente, alternativas para superarlos. Para ello, se analizaron los estudios de género que han sido desarrollados por distintas organizaciones de mujeres, así como, la normativa nacional que desarrolla la protección y la garantía de los derechos de las mujeres enfocados en la obtención de la justicia, verdad y reparación de las víctimas de violencia sexual. En primera medida, se expondrán algunas definiciones de la justicia transicional. Posteriormente, se examinarán cada uno de los procesos de transición que ha implementado Colombia con el fin de superar periodos de conflicto armado y vulneración de derechos humanos. Seguidamente, se establecerán los obstáculos que en la actualidad continúan impidiendo el acceso a la justicia y la reparación de esta categoría especial de víctimas pese a la apertura de un macrocaso por parte de la Jurisdicción Especial para la Paz; finalmente se propondrán algunas alternativas para superarlos.