La revisión actual tuvo como objetivo dilucidar los efectos moduladores de la actividad física y las actividades deportivas en el microbioma gastrointestinal. Se analizaron veinte estudios transversales y longitudinales, utilizando medidas metagenómicas y diversas ómicas. Recientemente se han publicado estudios sobre la microbiota intestinal y el ejercicio, que examinan principalmente los efectos de los programas de entrenamiento en sujetos que anteriormente no realizaban actividad física regular. Estos estudios sugieren que el ejercicio no causa cambios estructurales en la microbiota, y que la diversidad de especies permanece sin cambios después de 6 semanas o menos de participar en un programa de ejercicio. Se ha informado que la adaptación del cosistema intestinal al ejercicio en sujetos sedentarios responde al fenotipo del hospedador (índice de masa corporal y edad). Los resultados sugieren que los estudios transversales pueden proporcionar información sobre las diferencias entre los atletas altamente adaptados con estilos de vida activos y los adultos sedentarios, particularmente en la abundancia y función de la microbiota intestinal. Curiosamente, la comparación de adultos sanos con diferentes niveles de aptitud cardiorrespiratoria ha revelado resultados similares, lo que indica una falta de diferencias importantes en la abundancia de grupos taxonómicos y la riqueza de especies. Los enfoques metabolómicos, metagenómicos y transcriptómicos permiten identificar posibles mecanismos entre la microbiota intestinal y la fisiología del huésped en el ejercicio físico, principalmente a través de grupos funcionales de bacterias como Veillonella, Prevotella, Akkermansia y archaeon Methanobrevibacter. La mayor parte de la investigación revisada se centró en el entrenamiento de resistencia. Por lo tanto, los efectos potenciales del entrenamiento de resistencia y el entrenamiento de alta intensidad en el microbioma gastrointestinal deben explorarse en estudios futuros.