Bats are known reservoirs for a wide range of pathogenic microorganisms, including viruses, bacteria, fungi, helminths, and protozoa, which can be transmitted and infect other zoonotic organisms. Various studies have utilised next-generation sequencing (NGS) to describe the pathogens associated with bats. Although most have characterised microbial communities in specific body fluids, few have analysed the composition and diversity of these microbial communities across different body fluids at the individual level. In this study, we employed two next-generation sequencing techniques: amplicon-based sequencing of the V4 hypervariable region of the 16S- and 18S-rRNA genes and viral metagenomics, to describe the prokaryotic, eukaryotic, and viral communities present in blood, faeces, and oral swab samples collected from two genera of bats (Carollia and Phyllostomus) in the department of Casanare, eastern Colombia. A total of 60 samples corresponding to the three bodily fluids were processed and analysed. The results indicated that the microbial communities across the body fluids were mainly composed of bacteria, fungi, protozoa, and various DNA and RNA viruses, showing a variability of microbial genera and species. The abundances, diversity metrics, and correlations of these microorganisms displayed patterns associated with bat genus and body fluids, suggesting that the ecological characteristics of these microbial communities may be influenced by the ecological and physiological traits of the bats. Additionally, we found similar community compositions of bacteria, some fungal genera, and viruses in the three body fluids, indicating a possible circulation of these microbes within the same bat. This could be due to microbial movement from the gut microbiota to other physiological systems or transmission via blood-feeding vectors. Furthermore, our results revealed the presence of various microbes of public health concern, including Bartonella spp., Mannheimia haemolytica, Rhodotorula spp., Piroplasmida spp., Toxoplasma gondii, Alphacoronavirus spp., and Bat circovirus. The abundance of these pathogenic microbial species across the three bodily fluids suggests potential transmission routes from bats to other organisms, which may contribute to the emergence of zoonotic disease outbreaks. These findings highlight the variability of microorganisms present within the same bat and the different pathogen-host interactions that may regulate the presence and transmission of these zoonotic microbes. Further research is required to elucidate the genomic features, ecological interactions, and biological activities of these microbial communities in bats.
Los murciélagos son conocidos como reservorios de una amplia variedad de microorganismos patógenos, incluidos virus, bacterias, hongos, helmintos y protozoos, los cuales pueden transmitirse e infectar a otros organismos zoonóticos. Diversos estudios han empleado técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) para describir los patógenos transmitidos por estos mamíferos. Aunque la mayoría han caracterizado comunidades microbianas en fluidos corporales específicos, pocos han analizado la composición y diversidad de estas comunidades en varios fluidos corporales de un mismo individuo. En este estudio, utilizamos dos plataformas de NGS: secuenciación basada en amplicones de la región hipervariable V4 de los genes 16S- y 18S-rRNA, y metagenómica viral, para describir las comunidades procariotas, eucariotas y virales presentes en muestras de sangre, heces e hisopados orales recolectados de dos géneros de murciélagos (Carollia y Phyllostomus) en el departamento de Casanare, al oriente de Colombia. Se procesaron y analizaron un total de 60 muestras correspondientes a los tres tipos de fluidos corporales. Los resultados mostraron que las comunidades microbianas de estos fluidos estaban compuestas principalmente por bacterias, hongos, protozoos y diversos virus de ADN y ARN, evidenciando una variabilidad en géneros y especies microbianas. Las abundancias, métricas de diversidad y correlaciones de estos microorganismos presentaron patrones asociados tanto al género de murciélago como a los fluidos corporales, lo que sugiere que las características ecológicas de estas comunidades microbianas pueden estar determinadas por los rasgos ecológicos y fisiológicos de los murciélagos. Además, se identificaron comunidades microbianas de bacterias, algunos géneros de hongos y virus compartidos en los tres fluidos, lo que indica una posible circulación de microorganismos dentro de un mismo murciélago. Esto podría deberse al movimiento de estas comunidades desde la microbiota intestinal a otros sistemas fisiológicos o por la transmisión mediante vectores hematófagos. Por otro lado, nuestros análisis revelaron la presencia de varios microorganismos de interés para la salud pública, como Bartonella spp., Mannheimia haemolytica, Rhodotorula spp., Piroplasmida spp., Toxoplasma gondii, Alphacoronavirus spp. y Bat circovirus. La abundancia de estas especies patógenas en los tres fluidos sugiere posibles vías de transmisión de los murciélagos a otros organismos, lo que podría contribuir a la aparición de brotes de enfermedades zoonóticas. Este estudio resalta la variabilidad de microorganismos presentes en un mismo murciélago y las diversas interacciones patógeno-hospedero que pueden regular la presencia y transmisión de estos microorganismos zoonóticos. Asimismo, destacamos la importancia de analizar las características genómicas, las interacciones ecológicas y las actividades biológicas de estas comunidades microbianas en los murciélagos.
