Invasive candidiasis by Candida non-albicans and non-auris in a fourth level hospital in Colombia: epidemiology, antifungal susceptibility and genetic diversity
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Objectives. Increasingly common and associated with healthcare settings, Candida infections are very important, since some species of this genus can develop antifungal resistance. We aimed to study the epidemiology of invasive infections caused by Candida non-albicans and non-auris in a fourth level hospital in Bogota, Colombia, and to determine the antifungal susceptibility profile and genetic diversity of the etiological agents. Materials and Methods. All non-albicans and non-auris Candida isolates that were reported to be causing invasive infections over 18 months were studied. The isolates were identified by conventional routine methods, including Vitek and MALDITOF. Patients affected by these yeasts had epidemiological data on sex, age, treatment and outcome. In addition, the antifungal susceptibility of the isolates to nine antifungals was determined using YeastOne broth microdilution and the ribosomal DNA was sequenced. Statistical analyses were carried out to correlate epidemiological variables and to establish differences in antifungal susceptibility between species, per antifungal drug. Results. In the studied period, 68 non-albicans and non-auris Candida isolates, recovered from 58 patients and representing 48.5percent-flag-change of invasive candidiasis, were identified. From the species, 29 (42.6percent-flag-change) were Candida parapsilosis, 18 (26.5percent-flag-change) Candida glabrata, 17 (25percent-flag-change) Candida tropicalis, and 4 (5,9percent-flag-change) Candida dubliniensis. One isolate of Candida guilliermondii was reported by the hospital but not included in the study due to mold contamination. Isolates were recovered mainly from blood (50percent-flag-change) and other sterile sites. From the patients, the majority were men (53.4percent-flag-change). Patient’s age ranged between 18 days and 93 years old (average 63.1 years). Most patients were hospitalized in the ICU (70.7percent-flag-change) and treated with fluconazole (36.2percent-flag-change) followed by caspofungin (32.8percent-flag-change). A third of the patients did not receive any antifungal treatment. General mortality was 46.6percent-flag-change. However, patients affected by C. glabrata were found to have a higher mortality risk (62.5percent-flag-change) than patients affected by other species. Higher mortality was also associated with an older age. Antifungal susceptibility showed that C. parapsilosis isolates were the less susceptible to echinocandins, compared to isolates of other species, while C. glabrata isolates were the less susceptible to azoles followed by C. tropicalis. Amphotericin B and flucytosine susceptibility did not differ among species. From the isolates, one of C. glabrata was resistant to caspofungin, four of C. parapsilosis were resistant to fluconazole, two of C. tropicalis were resistant to both voriconazole and fluconazole and three others of C. tropicalis were resistant to flucytosine. Generally, low genetic diversity was identified among the isolates. Conclusions. This study provides important epidemiological data for the local and global surveillance of emerging Candida species, highlighting the importance of monitoring the rise of infrequent species, such as C. dubliniensis and C. guilliermondii, and their clinical impact. Our study highlights as well the emergence of acquired resistance, which could significantly increase morbidity and mortality rates, together with the clonal dispersal of some species.
Objetivos. Las infecciones por Candida, cada vez más frecuentes y asociadas a entornos sanitarios, son muy importantes, ya que algunas especies de este género pueden desarrollar resistencia a los antifúngicos. Nos propusimos estudiar la epidemiología de las infecciones invasoras causadas por Candida non-albicans y non-auris en un hospital de cuarto nivel de Bogotá, Colombia, y determinar el perfil de susceptibilidad antifúngica y la diversidad genética de los agentes etiológicos. Materiales y Métodos. Se estudiaron todos los aislamientos de Candida no albicans y no auris que se reportaron como causantes de infecciones invasoras durante 18 meses. Los aislados se identificaron mediante métodos rutinarios convencionales, incluidos Vitek y MALDITOF. Los pacientes afectados por estas levaduras tenían datos epidemiológicos sobre sexo, edad, tratamiento y desenlace. Además, se determinó la sensibilidad antifúngica de los aislados a nueve antifúngicos mediante microdilución en caldo YeastOne y se secuenció el ADN ribosómico. Se realizaron análisis estadísticos para correlacionar variables epidemiológicas y establecer diferencias de susceptibilidad antifúngica entre especies, por fármaco antifúngico. Resultados. En el período estudiado, se identificaron 68 aislamientos de Candida no albicans y no auris, recuperados de 58 pacientes y que representaban el 48,5percent-flag-change de las candidiasis invasoras. De las especies, 29 (42,6percent-flag-change) eran Candida parapsilosis, 18 (26,5percent-flag-change) Candida glabrata, 17 (25percent-flag-change) Candida tropicalis y 4 (5,9percent-flag-change) Candida dubliniensis. Un aislado de Candida guilliermondii fue notificado por el hospital pero no se incluyó en el estudio debido a la contaminación por moho. Los aislados se recuperaron principalmente de la sangre (50percent-flag-change) y de otros lugares estériles. De los pacientes, la mayoría eran hombres (53,4percent-flag-change). La edad de los pacientes oscilaba entre 18 días y 93 años (media de 63,1 años). La mayoría de los pacientes fueron hospitalizados en la UCI (70,7percent-flag-change) y tratados con fluconazol (36,2percent-flag-change) seguido de caspofungina (32,8percent-flag-change). Un tercio de los pacientes no recibió ningún tratamiento antifúngico. La mortalidad general fue del 46,6percent-flag-change. Sin embargo, se observó que los pacientes afectados por C. glabrata tenían un mayor riesgo de mortalidad (62,5percent-flag-change) que los afectados por otras especies. La mayor mortalidad también se asoció a una edad más avanzada. La susceptibilidad a los antifúngicos mostró que los aislados de C. parapsilosis eran los menos susceptibles a las equinocandinas, en comparación con los aislados de otras especies, mientras que los aislados de C. glabrata eran los menos susceptibles a los azoles, seguidos de los de C. tropicalis. La sensibilidad a la anfotericina B y a la flucitosina no difirió entre las especies. De los aislados, uno de C. glabrata era resistente a la caspofungina, cuatro de C. parapsilosis eran resistentes al fluconazol, dos de C. tropicalis eran resistentes tanto al voriconazol como al fluconazol y otros tres de C. tropicalis eran resistentes a la flucitosina. En general, se identificó una baja diversidad genética entre los aislados. Conclusiones. Este estudio aporta datos epidemiológicos importantes para la vigilancia local y mundial de las especies emergentes de Candida, destacando la importancia de vigilar el aumento de especies poco frecuentes, como C. dubliniensis y C. guilliermondii, y su impacto clínico. Nuestro estudio destaca también la aparición de resistencias adquiridas, que podrían aumentar significativamente las tasas de morbilidad y mortalidad, junto con la dispersión clonal de algunas especies.
