Performance verification (secondary validation) of the real-time molecular PCR (RT-qPCR) test on the Vivalytic One * (Vivalytic SARS-CoV-2) platform for point-of-care (POC) detection of SARS-CoV-2.
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El nuevo coronavirus SARS-CoV-2 (síndrome respiratorio agudo severo, coronavirus tipo 2), es un virus encapsulado de ARN monocatenario positivo de fácil transmisión a los seres humanos causante de la enfermedad COVID-19 (1). Este virus es miembro de la familia Coronaviridae y pertenece al género de los Betacoronavirus junto con los virus HCoV-OC43, HCoV-HKU1, y los virus altamente patogénicos SARS-HCoV (síndrome respiratorio agudo grave) y MERS-HCoV (síndrome respiratorio de Oriente Medio) (1). El 30 de enero del 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró el virus de SARS-CoV-2 como una emergencia de salud publica de interés internacional, luego que se extendiera rápidamente por todo el mundo provocando la pandemia de COVID-19 (1). Los primeros reportes de casos positivos para este virus se presentaron en diciembre del 2019 en Wuhan, China y desde esa fecha se han reportado a nivel mundial mas de 84 millones de casos confirmados y mas de un millón ochocientas mil muertes, encontrándose la mayoría de los casos en el continente americano (reporte diario WHO, https://covid19.who.int/). En el caso particular de Colombia, según el informe del instituto Nacional de Salud, a la fecha se han reportado mas de un millón seiscientos mil casos confirmados y mas de cuarenta y cuatro mil fallecidos https://www.ins.gov.co/Noticias/paginas/coronavirus.aspx). Teniendo en cuenta estas cifras y con el fin de impulsar intervenciones clínicas y de salud publica para contrarrestar esta emergencia sanitaria, es necesario hacer un amplio procesamiento de muestras para un pronto y adecuado diagnostico in vitro de SARS-CoV-2. Para este fin, es importante identificar y validar protocolos que puedan implementarse de manera rápida, automatizada, con bajo costo y con buenos resultados de sensibilidad y especificidad. Uno de los primeros protocolos validado para el diagnóstico de SARS-CoV-2 fue el protocolo desarrollado por el hospital Charité Virology en Berlín, Alemania (2). Este protocolo, dirigido a la detección de los genes E (Envelope gene) y RdRp (RNA-dependent RNA polymerase gene) por medio de tres reacciones consecutivas de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) en tiempo real, actualmente ha sido implementado en laboratorios alrededor del mundo y es recomendado por la OMS (2). En Colombia, se emplea como el estándar de referencia para la verificación de diversas pruebas desarrolladas para la detección de SARS-CoV-2 (3). La oportunidad en el diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 es una necesidad reconocida para toma de decisiones clínicas, aislamiento preventivo y potencialmente reducir la transmisión (3). Ante esto, se han desarrollado dispositivos de procesamiento rápido, donde se minimiza la manipulación de las muestras y se generan resultados en el sitio de atención del paciente en tiempos inferiores a dos horas. Estas pruebas son conocidas en inglés como: “Point-of-care tests” (POCT). En Colombia, las POCT deben ser sometidas a un proceso de verificación (validación secundaria) para determinar que las condiciones de desempeño publicadas por el fabricante cumplen con los estándares de calidad del Ministerio de Salud y Protección Social de Colombia (4).Sin embargo, muchas de las pruebas POCT utilizan sistemas microfluídicos cuyo desempeño puede verse afectado por condiciones ambientales, especialmente condiciones de presión atmosférica. Esto requiere que se realice la verificación de desempeño bajo las condiciones en las que será utilizado, específicamente en alturas por encima de los 2500 metros sobre el nivel del mar, condición atmosférica que aplica para un número importante de ciudades en Colombia y Suramérica. Teniendo en cuenta lo mencionado anteriormente, el presente documento propone la validación de este protocolo bajo las condiciones de presión atmosférica de Bogotá.
The new SARS-CoV-2 coronavirus (severe acute respiratory syndrome, coronavirus type 2) is an encapsidated single-stranded RNA-positive virus easily transmitted to humans causing COVID-19 disease (1). This virus is a member of the Coronaviridae family and belongs to the Betacoronavirus genus along with HCoV-OC43, HCoV-HKU1, and the highly pathogenic viruses SARS-HCoV (severe acute respiratory syndrome) and MERS-HCoV (Middle East respiratory syndrome) (1). On January 30, 2020, the World Health Organization (WHO) declared the SARS-CoV-2 virus a public health emergency of international concern after it rapidly spread worldwide causing the COVID-19 pandemic (1). The first reports of positive cases for this virus were presented in December 2019 in Wuhan, China and since that date more than 84 million confirmed cases and more than one million eight hundred thousand deaths have been reported worldwide, with the majority of cases found in the American continent (WHO daily report, https://covid19.who.int/). In the particular case of Colombia, according to the report of the National Health Institute, to date more than one million six hundred thousand confirmed cases and more than forty-four thousand deaths have been reported (https://www.ins.gov.co/Noticias/paginas/coronavirus.aspx). Taking into account these figures and in order to promote clinical and public health interventions to counteract this health emergency, it is necessary to carry out an extensive processing of samples for a prompt and adequate in vitro diagnosis of SARS-CoV-2. To this end, it is important to identify and validate protocols that can be implemented in a rapid, automated, low-cost manner with good sensitivity and specificity results. One of the first validated protocols for the diagnosis of SARS-CoV-2 was the protocol developed by the Charité Virology hospital in Berlin, Germany (2). This protocol, aimed at detecting the E (Envelope gene) and RdRp (RNA-dependent RNA polymerase gene) genes by means of three consecutive real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) reactions, has now been implemented in laboratories around the world and is recommended by the WHO (2). In Colombia, it is used as the reference standard for the verification of several tests developed for the detection of SARS-CoV-2 (3). Timeliness in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection is a recognized need for clinical decision making, preventive isolation and potentially reducing transmission (3). In view of this, rapid processing devices have been developed, where sample handling is minimized and results are generated at the patient's site of care in less than two hours. These tests are known as “Point-of-care tests“ (POCT). In Colombia, POCTs must undergo a verification process (secondary validation) to determine that the performance conditions published by the manufacturer meet the quality standards of the Colombian Ministry of Health and Social Protection (4).However, many of the POCT tests use microfluidic systems whose performance can be affected by environmental conditions, especially atmospheric pressure conditions. This requires performance verification under the conditions in which it will be used, specifically at altitudes above 2500 meters above sea level, an atmospheric condition that applies to a significant number of cities in Colombia and South America. Taking into account the above mentioned, this document proposes the validation of this protocol under the atmospheric pressure conditions of Bogota.
