Resumen
- Clinical isolates of a fungal pathogen from a single region or country often exhibit structural clonality or phylogenetic clustering at the sequence or MLST level; such population structure can persist also in larger samples. In efforts to improve causal understanding of pathogenesis at the molecular level, genome-wide association screening methods initially designed for other kingdoms have been applied to fungi. The example of a Colombian dataset of 28 clinical Cryptococcus neoformans VNI isolates indicates where the output from standard pipelines may need to be analyzed in new ways in order to efficiently extract hypotheses for experiments from fungal genotype-phenotype data.
- Los aislados clínicos de un patógeno fúngico procedentes de una única región o país suelen presentar clonalidad estructural o agrupación filogenética a nivel de secuencia o MLST; dicha estructura poblacional puede persistir también en muestras más amplias. En un esfuerzo por mejorar la comprensión causal de la patogénesis a nivel molecular, se han aplicado a los hongos métodos de cribado de asociación de todo el genoma diseñados inicialmente para otros reinos. El ejemplo de un conjunto de datos colombianos de 28 aislados clínicos de Cryptococcus neoformans VNI indica dónde puede ser necesario analizar de nuevas formas los resultados de los procesos estándar para extraer de forma eficiente hipótesis para experimentos a partir de datos fúngicos genotipo-fenotipo.