Resumen
- As is the case globally, Cryptococcus gattii is a less frequent cause of cryptococcosis than Cryptococcus neoformans in South Africa. We performed multilocus sequence typing (MLST) and fluconazole susceptibility testing of 146 isolates randomly selected from 750 South African patients with C. gattii disease identified through enhanced laboratory surveillance, 2005 to 2013. The dominant molecular type was VGIV (101/146, 70%), followed by VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) and VGIII (2/146, 1%). Among the 146 C. gattii isolates, 99 different sequence types (STs) were identified, with ST294 (14/146, 10%) and ST155 (10/146, 7%) being most commonly observed. The fluconazole MIC50 and MIC90 values of 105 (of 146) randomly selected C. gattii isolates were 4 μg/ml and 16 μg/ml, respectively. VGIV isolates had a lower MIC50 value compared to non-VGIV isolates, but these values were within one double-dilution of each other. HIV-seropositive patients had a ten-fold increased adjusted odds of a VGIV infection compared to HIV-seronegative patients, though with small numbers (99/136; 73% vs. 2/10; 20%), the confidence interval (CI) was wide (95% CI: 1.93-55.31, p = 0.006). Whole genome phylogeny of 98 isolates of South Africa's most prevalent molecular type, VGIV, identified that this molecular type is highly diverse, with two interesting clusters of ten and six closely related isolates being identified, respectively. One of these clusters consisted only of patients from the Mpumalanga Province in South Africa, suggesting a similar environmental source. This study contributed new insights into the global population structure of this important human pathogen.
- Como ocurre en todo el mundo, Cryptococcus gattii es una causa menos frecuente de criptococosis que Cryptococcus neoformans en Sudáfrica. Se realizó la tipificación de secuencias multilocus (MLST) y pruebas de susceptibilidad al fluconazol de 146 aislados seleccionados al azar de 750 pacientes sudafricanos con enfermedad por C. gattii identificados a través de la vigilancia de laboratorio mejorada, de 2005 a 2013. El tipo molecular dominante fue VGIV (101/146, 70%), seguido de VGI (40/146, 27%), VGII (3/146, 2%) y VGIII (2/146, 1%). Entre los 146 aislados de C. gattii, se identificaron 99 tipos de secuencia (ST) diferentes, siendo ST294 (14/146, 10%) y ST155 (10/146, 7%) los más comúnmente observados. Los valores MIC50 y MIC90 de fluconazol de 105 (de 146) aislados de C. gattii seleccionados al azar fueron de 4 μg/ml y 16 μg/ml, respectivamente. Los aislados VGIV tenían un valor MIC50 más bajo en comparación con los aislados no VGIV, pero estos valores estaban dentro de una doble dilución entre sí. Los pacientes seropositivos tenían una probabilidad ajustada diez veces mayor de infección por VGIV en comparación con los pacientes seronegativos, aunque con números pequeños (99/136; 73% frente a 2/10; 20%), el intervalo de confianza (IC) era amplio (IC 95%: 1,93-55,31; p = 0,006). La filogenia del genoma completo de 98 aislados del tipo molecular más prevalente en Sudáfrica, el VGIV, identificó que este tipo molecular es muy diverso, con dos interesantes conglomerados de diez y seis aislados estrechamente relacionados, respectivamente. Uno de estos grupos estaba formado únicamente por pacientes de la provincia sudafricana de Mpumalanga, lo que sugiere una fuente ambiental similar. Este estudio aportó nuevos conocimientos sobre la estructura de la población mundial de este importante patógeno humano.