En la cuenca del Amazonas, como en la cuenca del Orinoco, los bosques inundables han sido clasificados según las propiedades de los ríos que los inundan en bosques de Várzea (aguas blancas) e Igapó (aguas negras). Adicionalmente, se ha demostrado que estas diferencias fluviales influyen en la composición del suelo de estos bosques, de manera que las Várzeas se caracterizan por tener suelos ricos en nutrientes, mientras que los bosques de Igapó presentan suelos pobres en nutrientes. Para determinar si estas diferencias han impulsado procesos de clasificación ecológica, evaluamos la diversidad funcional arbórea en bosques de Várzea e Igapó y la influencia de los filtros externos e internos en el ensamblaje de comunidades vegetales de cada tipo de bosque. Muestreamos seis rasgos funcionales en dos parcelas de 1 ha ubicadas en Casanare, Colombia, una en un bosque de Várzea y la otra en un bosque de Igapó. Encontramos que existe una diferenciación funcional parcial entre los bosques de Várzea e Igapó, además de una alta divergencia funcional dentro de cada tipo de bosque. También observamos una mayor influencia de los filtros internos en el ensamblaje de comunidades de ambos bosques, respecto a los filtros externos. Estos resultados exaltan la importancia de reconocer la diversidad funcional entre y dentro de los bosques de Várzea e Igapó, a pesar de su baja diversidad taxonómica, así como también, contribuyen a la comprensión del ensamblaje de comunidades y la expresión de rasgos funcionales en suelos ricos y pobres en nutrientes.