Antecedentes y objetivos El aumento de fenómenos meteorológicos extremos debido al cambio climático puede alterar la dinámica de los ecosistemas. En los trópicos se sabe poco sobre cómo responderán los ecosistemas y las especies a las sequías e inundaciones. Identificar los factores bióticos y abióticos más importantes en los ecosistemas a nivel local es clave para desarrollar mejores prácticas de gestión forestal y comprender los efectos del cambio climático en las comunidades fúngicas. Métodos Realizamos un muestreo aleatorio de individuos adultos de varias especies de palmeras en tres ecosistemas cercanos con diferentes condiciones hidrológicas, durante las estaciones lluviosa y seca. Mediante secuenciación de nueva generación, identificamos las comunidades fúngicas y determinamos la influencia de las propiedades fisicoquímicas del suelo, las variables estacionales y la identidad del hospedador sobre la abundancia relativa de las comunidades fúngicas asociadas a la raíz y a la rizósfera. Resultados La composición de las comunidades fúngicas fue similar entre el bosque estacionalmente inundable y el bosque de tierra firme, mientras que en el pantano divergió debido a diferencias en las propiedades fisicoquímicas del suelo. Los análisis estacionales revelaron diferencias significativas en la abundancia relativa de varios taxones, principalmente asociados al bosque estacionalmente inundable. Sin embargo, no se detectó ninguna influencia de la especie de palmera en la abundancia de hongos a ningún nivel taxonómico. Conclusión Este estudio resalta la importancia de estudiar los ecosistemas a escala local y de considerar la dinámica de los ecosistemas en el estudio de las comunidades fúngicas y de otros microorganismos. Este enfoque es crucial para mejorar las predicciones en escenarios de cambio climático y comprender las consecuencias de alterar estas dinámicas en ecosistemas vulnerables y a menudo poco estudiados.