El escenario posterior al conflicto en Colombia plantea varias urgencias ambientales, por lo que es necesario identificar y priorizar nuevos desafíos para la conservación de la biodiversidad y la gestión de los ecosistemas. Es fundamental comprender cómo las agencias gubernamentales, las ONG y los académicos perciben estos desafíos, ya que todos contribuyen a la toma de decisiones fundamentales sobre cuestiones ambientales. Para lograr este objetivo, formulamos cincuenta y dos preguntas de investigación que fueron editadas, evaluadas y priorizadas por los miembros de cada grupo en un taller dedicado. Diez de estas preguntas se identificaron como prioridades principales y se compartieron con veinte miembros adicionales de cada grupo. Las percepciones y clasificaciones de las diez preguntas prioritarias se compararon entre los grupos, pero no se encontraron diferencias estadísticas. Estos resultados resaltan que objetivos ampliamente similares para la conservación de la biodiversidad son compartidos por todos los tomadores de decisiones clave en Colombia después del conflicto.En lo específico, la conservación a través de prácticas de gestión sostenible y el desarrollo de economías locales previamente afectadas por el conflicto. El proceso de desarrollar y priorizar estas preguntas de investigación ayudó a identificar los impulsores clave de la pérdida de biodiversidad y a crear una agenda de investigación para mitigar los impactos ambientales en Colombia después del conflicto.