Functional genomics for the description of mutations in the molecular diagnosis of sporadic colon and rectal cancer in a Colombian population.
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Introducción: Los factores hereditarios están relacionados con el desarrollo de cáncer colorrectal (CCR). La prevalencia de alteraciones genómicas germinales relacionados con el desarrollo de carcinoma colorrectal se han identificado en el 5% a 18% de los pacientes. El uso actual de metodologías moleculares de análisis genómico a gran escala, como secuenciación de siguiente generación (NGS) permite el análisis simultáneo de genes potencialmente relacionados con la fisiopatología del CCR. La identificación de variantes patogénicas tiene gran utilidad en la decisión terapéutica para el paciente, en el análisis de cascada en la familia de los afectados y en el entendimiento de los mecanismos moleculares subyacentes a la etiopatología de CCR. Objetivo: El presente proyecto busca identificar y validar variantes germinales y/o factores reguladores de la expresión de genes potencialmente relacionados con la etiología molecular de CCR. Metodología: Mediante secuenciación de siguiente generación (NGS) se realizará un análisis genómico ampliado en 100 pacientes con CCR no seleccionados por edad o historia familiar que han acudido al Hospital Universitario Mayor-Méderi. Algunas variantes de interés por su potencial patogenicidad serán validadas funcionalmente. Se realizará un análisis en cascada en familiares de primer grado de los afectados, con el objeto de ofrecer asesoramiento genético. Resultados esperados: Este estudio permitirá la identificación de variantes moleculares germinales patogénicas potencialmente relacionadas con la etiología molecular de CCR en la población colombiana. La implementación de un análisis genómico ampliado logrará el análisis simultáneo de cientos de genes y permitirá determinar el impacto de estos en el CCR. Mediante estudios funcionales In Vitro se validarán algunas variantes de interés. Finalmente se estimará la implicación de las variantes genéticas en la terapéutica usada en el tratamiento de CCR.
Introduction: Hereditary factors are related to the development of colorectal cancer (CRC). The prevalence of germline genomic alterations associated with the development of colorectal carcinoma has been identified in 5% to 18% of patients. The current use of molecular methodologies for large-scale genomic analysis, such as next-generation sequencing (NGS), allows the simultaneous analysis of genes potentially related to the pathophysiology of CRC. The identification of pathogenic variants has great utility in the therapeutic decision for the patient, in the cascade analysis in the family of those affected and in the understanding of the molecular mechanisms underlying the etiopathology of CRC. Objective: The present project seeks to identify and validate germline variants and/or regulatory factors of gene expression potentially related to the molecular etiology of CRC. Methodology: An extended genomic analysis will be performed by next generation sequencing (NGS) in 100 patients with CRC not selected by age or family history who have attended the Hospital Universitario Mayor-Méderi. Some variants of interest for their potential pathogenicity will be functionally validated. A cascade analysis will be performed in first-degree relatives of those affected, with the aim of offering genetic counseling. Expected results: This study will allow the identification of pathogenic germline molecular variants potentially related to the molecular etiology of CRC in the Colombian population. The implementation of an extended genomic analysis will achieve the simultaneous analysis of hundreds of genes and will allow determining their impact on CRC. In vitro functional studies will validate some variants of interest. Finally, the implication of genetic variants in the therapeutics used in the treatment of CRC will be estimated.
