CRISPR and nanopore targeted sequencing for genotyping highly polymorphic genes.
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Advances in sequencing and molecular genetic techniques have created an unprecedented opportunity for the development of personalized medicine. The impact of these advances has translated into improvements in diagnosis, prevention and, importantly, individualized therapeutic management. In the clinical context, genomic information from the individual has been routinely used in several areas, including transplantation medicine and pharmacogenetics. The implementation of new sequencing techniques in such contexts has the potential to address many of the limitations of conventional techniques, including level of resolution in highly polymorphic genes and sample processing time. With these considerations in mind, the overall objective of the present proposal is to evaluate the feasibility of typing highly polymorphic genes of clinical interest using nanopore sequencing and CRISPR-mediated enrichment. The long-term goal is to implement the use of next-generation sequencing technologies in the clinical context with a focus on precision medicine. The research question that the present study seeks to address is whether the results obtained by the nanopore-CRISPR methodology are comparable with conventional techniques for typing highly polymorphic alleles. The reasoning behind this question is that the implementation of such technologies would allow a more robust and accurate genotyping, in a shorter time and more affordable.
Avances en técnicas de secuenciación y genética molecular han creado una oportunidad sin precedentes para el desarrollo de la medicina personalizada. El impacto de estos avances se ha traducido en mejoras en el diagnóstico, prevención y de manera importante manejo terapéutico individualizado. En el contexto clínico, información genómica del individuo se ha venido usando de manera rutinaria en diversas áreas, incluyendo medicina de trasplantes y farmacogenética. La implementación de nuevas técnicas de secuenciación en dichos contextos tiene el potencial de resolver muchas de las limitaciones de técnicas convencionales, incluyendo nivel de resolución en genes altamente polimórficos y tiempo de procesamiento de muestras. Teniendo en cuenta estas consideraciones, el objetivo general de la presente propuesta es evaluar la viabilidad de la tipificación de genes altamente polimórficos de interés clínico utilizando secuenciación por nanoporos y enriquecimiento mediado por CRISPR. Como objetivo a largo plazo se busca implementar el uso de tecnologías de secuenciación de última generación en el contexto clínico enfocadas en medicina de precisión. La pregunta de investigación que el presente estudio plantea resolver es si los resultados obtenidos por la metodología nanoporos-CRISPR son comparables con técnicas convencionales de tipificación de alelos altamente polimórficos. El razonamiento subyacente a esta pregunta es que la implementación de dichas tecnologías permitiría una genotipificación más robusta y precisa, en un menor tiempo y más asequible.
