Descripción
- Master's thesis
Chromosome-level genome assembly of Triatoma dimidiata Latreille, 1811 (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae) Tesis
Perfil
Tutor
- Ramírez González, Juan David Persona
Thesis author
- Alvarado López, Mateo Andrés
- Cantillo-Barraza, Omar
- Hernández, Carolina
- Luna, Nicolás
- Paniz-Mondolfi, Alberto
- Ramírez González, Juan David
Resumen
- Triatoma dimidiata es un vector principal de Trypanosoma cruzi, el parásito responsable de la enfermedad de Chagas, que afecta a millones de personas en todo el mundo. Su distribución se extiende desde el centro de México hasta el norte de Ecuador y Perú, con variaciones ecológicas y epidemiológicas marcadas a lo largo de este rango, lo que conlleva a desafíos taxonómicos y al reconocimiento de T. dimidiata como un complejo de especies crípticas. A pesar de los esfuerzos realizados con marcadores morfológicos y moleculares, los análisis filogenéticos siguen siendo inconclusos, dificultando su clasificación. Resolver estos problemas taxonómicos es fundamental para desarrollar estrategias de control de vectores eficaces y específicas. Dado que los marcadores moleculares tradicionales han demostrado ser insuficientes, los análisis a escala genómica ofrecen una alternativa prometedora. Sin embargo, la ausencia de un genoma de referencia anotado para T. dimidiata ha limitado estudios genómicos de amplio alcance. Para abordar esta necesidad, ensamblamos y anotamos un genoma de referencia de alta calidad y resolución haplotípica a nivel cromosómico para T. dimidiata, integrando lecturas de alta fidelidad de PacBio (HiFi), secuenciación Illumina de extremos emparejados, Hi-C y RNAseq. Los ensamblajes resultantes, con longitudes de 1,31 Gb y 1,30 Gb, demuestran alta completitud y continuidad. Aproximadamente, el 95% de estas secuencias fueron organizadas en 10 y 12 pseudo-cromosomas, respectivamente. Además, el análisis del contenido repetitivo reveló que más del 50% del genoma se compone de elementos repetitivos. Utilizando transcriptomas ensamblados, métodos ab initio y homología de proteínas para la predicción de genes, identificamos 338,033 genes potenciales. Este recurso genómico llena un vacío crucial en la genómica de T. dimidiata, allanando el camino para estudios de genómica funcional y poblacional. Facilitará el descubrimiento de marcadores genéticos asociados a rasgos importantes como la resistencia a insecticidas y la adaptación ecológica, proporcionando conocimientos esenciales para desarrollar medidas de control específicas. Nuestro ensamblaje establece una base para investigaciones adicionales sobre la biología, la dinámica poblacional y la competencia vectorial de T. dimidiata, avanzando en los esfuerzos globales para combatir la enfermedad de Chagas.
fecha de publicación
- febrero 4, 2025 3:40 p. m.