Sus intereses de investigación se enfocan en la comprensión de la epidemiología molecular, la ecología, la evolución y la interacción hospedero-patógeno de una gran variedad de patógenos como Trypanosoma cruzi, Leishmania, parásitos intestinales (Blastocystis, Giardia, Entamoeba y Cryptosporidium) y arbovirus mediante herramientas genómicas y transcriptómicas. Además, se interesa en la sistemática, biología, microbiota y genómica poblacional de vectores de enfermedades infecciosas.