Grandes eventos geológicos, como el levantamiento de los Andes y la formación de los valles interandinos, han sido determinantes en la configuración de la biodiversidad neotropical. Este estudio evalúa su influencia en la radiación adaptativa reciente (∼1.5 Ma) de Heliconius cydno, una mariposa mimética y aposemática ampliamente distribuida desde Centroamérica hasta el norte de Suramérica, que presenta una notable variación en sus patrones de coloración alar. Esta diversidad fenotípica está determinada por una arquitectura genética modular, donde unos pocos genes clave y elementos cis- regulatorios controlan diferencias entre morfotipos en esta y otras especies de lepidópteros. A partir de la secuenciación del genoma completo de 113 individuos que abarcan todas las subespecies descritas, se investigó: (1) el papel de la orogenia andina en la diversificación de H. cydno y (2) la base genética de la variación en una de sus características fenotípicas distintivas. Se obtuvo que nueve de las catorce subespecies de H. cydno corresponden a linajes independientes, originados en el noroccidente de Suramérica, con posterior expansión hacia Centroamérica y los valles interandinos colombianos. La estructura genética refleja la geografía, con cinco clústeres principales: Centroamérica, Venezuela, Valle del Magdalena, Valle del Cauca e isla Gorgona. Algunas poblaciones, como la subespecie insular H. c. subsp. nov., muestran fuerte estructura genética, baja diversidad y señales de cuello de botella, en contraste con las subespecies continentales, que exhiben altos niveles de ancestría compartida y flujo genético. Adicionalmente, se identificó al microARN miRNA193, derivado del lncRNA Ivory, como el locus responsable de la variación en la banda submarginal blanca del ala posterior, un rasgo cuya base genética era hasta ahora desconocida en Heliconius. La evidencia de introgresión sugiere que este carácter fue transferido desde H. cydno hacia H. melpomene, contribuyendo al establecimiento de un nuevo anillo mimético con H. erato. En conjunto, estos hallazgos destacan el papel de la geografía, la arquitectura genómica y la introgresión en la diversificación de H. cydno.