Estudios en las mariposas del género de Heliconius (Lepidoptera: Nymphalidae) han permitido entender los mecanismos que promueven la especiación y adaptación en el neotrópico. Análisis de la microbiota en estos insectos reportan variaciones interespecíficas e intraespecíficas, las cuales no están asociadas directamente a la depredación de polen. Además, se desconoce si los ecosistemas geográficos donde cohabitan mariposas con diferentes anillos miméticos afectan la microbiota de estos individuo. Este estudio utilizó amplicon-based sequencing del gen ARNr-16S en 66 muestras que corresponden a 4 especies de distintas regiones biogeográficas de Colombia: Heliconius clysonymus (n = 4), Heliconius erato (n = 24), Heliconius melpomene (n = 19) y Heliconius cydno (n = 19). La microbiota de Heliconius está dominada por los géneros Commensalibacter, Enterococcus, Spiroplasma y Orbus, donde sus abundancias difieren entre especies y subespecies, las cuales habitan diferentes provincias biogeográficas de Colombia. También, las agrupaciones de la microbiota por especie no reflejan totalmente sus relaciones filogenéticas. A pesar de la amplia diversidad de especies y subespecies de Heliconius en Colombia, este estudio encontró que las abundancias de las comunidades de su microbiota varían a partir de las condiciones ambientales de los ecosistemas en los que habitan y no presentan un patrón especie-específico