La identificación de alteraciones en la composición de la microbiota intestinal asociada a la presencia de parásitos ha sido un foco de atención de investigaciones por su importancia en procesos fisiológicos y de productividad animal. Dentro del campo de las relaciones hospedero-parásito, muchos estudios han sugerido que los helmintos pueden incidir sobre la composición microbiana debido a su efecto inmunomodulador. La fascioliasis bovina es una helmintiasis ampliamente estudiada en el campo de la inmunología, pero con poca información en el campo de la investigación de interacciones hospedero-helminto, por lo que se desconoce su impacto sobre las comunidades microbianas. Por esta razón, este estudio se dirige a describir la composición de la microbiota intestinal de bovinos Holstein parasitados por Fasciola provenientes del altiplano cundiboyacense colombiano, a través de un enfoque de secuenciación de nueva generación de amplicones de los genes ARNr-16S para procariotas y ARNr-18S para eucariotas. Para esto, se recolectaron 65 muestras fecales de bovinos Holstein provenientes de plantas de beneficio animal. Encontramos reducción en la abundancia relativa de Bacteroidetes y Ascomycota en las muestras de bovinos infectadas con el parásito, así como disminución en abundancia relativa de taxones comensales asociados a procesos de fermentación y digestión. Adicionalmente, se encontraron correlaciones positivas entre microorganismos que presentaron reducciones en abundancias relativas en las muestras positivas para Fasciola, lo cual se asoció a pérdida de peso consistente con el fenotipo de un bovino infectado por este parásito. Por lo anterior, se concluyó que la infección por Fasciola disminuye la capacidad de digerir material vegetal como consecuencia de la reducción en la abundancia de taxones encargados de esta función. Estos hallazgos proveen una base para futuras investigaciones sobre el desarrollo de tratamientos dirigidos a la modulación de estas poblaciones microbianas implicadas en la infección.