La actividad antropogénica ha generado un impacto negativo en los ambientes acuáticos y en los organismos que viven en él. Para esto se determinó la calidad del agua de las muestras tomadas en los cuatro afluentes del río Bogotá implementando estrategias tradicionales con pruebas fisicoquímicas y microbiológicas. También, se determinó la composición de las comunidades microbianas presentes por medio de análisis metagenómicos y con estos resultados, se describió la presencia de marcadores moleculares de interés en salud circundantes. Nuestros resultados muestran como la comunidad bacteriana domina en las muestras, adicional, la descripción de los marcadores de resistencia a antibióticos y factores de virulencia da un acercamiento de cómo el agua está sirviendo como medio para la propagación de estos. Finalmente, este estudio permite generar información relevante acerca del estado actual de los puntos muestreados y marca un punto de inicio para continuar con próximas investigaciones.