La enfermedad de Chagas (CD), causada por el protozoo Trypanosoma cruzi, sigue siendo un importante problema de salud pública debido a las limitadas opciones de tratamiento, como el benznidazol y el nifurtimox, que se asocian con efectos adversos y eficacia variable. La aparición de cepas de T. cruzi resistentes a fármacos, junto con el escaso conocimiento de los mecanismos moleculares subyacentes a la resistencia, dificulta el desarrollo de terapias más efectivas. Para explorar estos mecanismos, realizamos un análisis transcriptómico comparativo de dos cepas de T. cruzi TcI: MG (naturalmente susceptible) y DA (naturalmente resistente) al benznidazol. Los parásitos se cultivaron en medio LIT y se determinaron los valores de CE50 mediante el ensayo MTT. Se extrajo y secuenció el ARN (RNA-seq), con lecturas alineadas con un genoma de referencia. Se analizaron las expresiones génicas diferenciales con DESeq2, el enriquecimiento funcional mediante Gene Ontology (GO) y se mapearon las vías metabólicas mediante KAAS. La CE50 para Benznidazol en DA (28,92 µg/mL) fue sustancialmente mayor que en MG (0,8827 µg/mL), lo que confirma la susceptibilidad diferencial. DA mostró 408 genes sobreexpresados y 1515 inexpresados, mientras que MG presentó 153 sobreexpresados y 866 inexpresados (Log2FoldChange ≥ 2 o ≤ -2). El análisis de GO indicó procesos biológicos divergentes entre cepas: DA mostró un enriquecimiento en transporte de electrones y desintoxicación, mientras que MG mostró un enriquecimiento en reparación del ADN y metabolismo energético. El mapeo metabólico reveló diferencias significativas en la vía de las pentosas fosfato, la glucólisis/gluconeogénesis y el ciclo del ácido tricarboxílico (TCA). Se identificaron genes clave potencialmente involucrados en la resistencia, como la prostaglandina F2α sintasa, la tripanotiona sintasa, la tiorredoxina y la prostaglandina F sintasa, como posibles dianas terapéuticas. Estos hallazgos sugieren que la resistencia al benznidazol en T. cruzi implica respuestas multifactoriales específicas de la cepa a nivel transcriptómico y metabólico. Mediante el análisis de cepas naturalmente resistentes y susceptibles, este estudio proporciona nuevos conocimientos sobre los mecanismos de resistencia a fármacos y subraya la necesidad de ampliar la investigación con cepas de T. cruzi genéticamente diversas y unidades de tipificación discretas (DTU) para fundamentar futuras estrategias terapéuticas.
