Los murciélagos constituyen el 20% de las especies de mamíferos en la actualidad, su capacidad de dispersión y colonización de nuevos nichos ha permitido que estos vertebrados estén expuestos a diferentes protozoos, como especies de los géneros Trypanosoma y Leishmania. Existen pocos estudios que relacionen la co-infección de ambos géneros en los murciélagos, por lo que el objetivo de este trabajo fue detectar ADN de Trypanosoma y Leishmania en murciélagos procedentes del departamento de Casanare, Colombia y establecer la frecuencia de infección de ambos géneros. De los 172 murciélagos capturados, se encontraron 18 individuos correspondientes a las especies Phyllostomus hastatus, Myotis spp. y Carollia perspicillata, que presentaban ambos géneros Trypanosoma y Leishmania. El total de murciélagos infectados con Trypanosoma spp. fue de 63 y 20 para Leishmania spp.. Este estudio refuerza la importancia de los murciélagos como reservorios de dos kinetoplastidos causantes de enfermedades endémicas en Colombia.